پلی آمین اکسیدازها (PAO) آنزیم های وابسته به فلاوین آدنین دی نوکلئوتید هستند که در کاتابولیسم پلی آمین ها در پراکسی زوم، آپوپلاست و سیتوپلاسم نقش دارند. گزارش های زیادی در زمینه اهمیت ژن های PAO گیاهان در پاسخ به تنش ها ارائه شده است با این حال مطالعه جامعی در مورد تعداد، روابط تکاملی، ساختار ژنی و الگوی بیانی ژن های PAO در انگور موجود نیست. در مطالعه حاضر با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی، هشت ژن محتمل PAO (VvPAO1-VvPAO8) در ژنوم انگور 12X شناسایی شد. بر اساس مطالعه فیلوژنتیکی ژن-های VvPAO به سه گروه تقسیم می شوند که هر گروه از نظر جایگاه سلولی و کارکرد اختصاصی است. ژن های VvPAO دارای صفر تا 9 اینترون می باشند و بر روی 6 کروموزوم از 19 کروموزوم انگور قرار گرفته اند. وجود چندین عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنش ها و هورمون ها در پیشبر این ژن ها دلالت بر نقش احتمالی آن ها در پاسخ به تنش ها دارد. بررسی داده های ریزآرایه ژن های اورتولوگ PAO انگور در آرابیدوپسیس در شرایط تنش های غیر زیستی نشان داد که سطح رونویسی این ژن ها در پاسخ به تنش های غیر زیستی افزایش می یابد که نشان دهنده نقش این ژن ها در پاسخ انگور به تنش ها است. نتایج این مطالعه داد های پایه برای پژوهش های بیشتر در مورد نقش ژن های PAO در انگور را فراهم می سازد.

متن کامل این مقاله به زبان انگلیسی می باشد. لطفا برای مشاهده متن کامل مقاله به بخش انگلیسی مراجعه فرمایید.لطفا برای مشاهده متن کامل این مقاله اینجا را کلیک کنید.

سابقه و هدف: شناسایی مکانیسم های زمینه ای پاتوژنز گلیوما از اهمیت ویژه ای برخوردار است. بیان بیش از حد ژن PTX3 عمیقا در پاتوژنز گلیوما نقش دارد. سرکوب بیان ژن هدف بر پایه تداخل RNA (RNAi) ازطریق مولکول های RNA دورشته ای ازجمله siRNA می تواند به عنوان یک ابزار درمانی برای خاموشی انکوژن استفاده شود. هدف مطالعه حاضر، القای آپوپتوز در رده سلولی گلیومای U-87 با سرکوب ژن PTX3 است. مواد و روش ها: انواع روش های in SILICO برای طراحی siRNA در برابر ژن PTX3 استفاده شد، سپس امتیاز بندی طبق قوانین طراحی صورت گرفت. بهترین مولکول siRNA علیه ژن PTX3 انتخاب و همچنین siRNA درهم ریخته آن نیز طراحی و کارایی خاموش کردن PTX3 در سلول های U-87 توسط Real-time PCR ارزیابی شد. همچنین میزان مرگ سلول های ترنسفکت شده با گروه های کنترل توسط فلوسایتومتری مقایسه شد تا اثر کاهش بیان PTX3 بر آپوپتوز سلولی بررسی شود. نتایج: 53 مولکول PTX3-siRNA طراحی شده از جهات گوناگون، بررسی و امتیاز دهی و بهترین موارد جهت استفاده در تحقیقات سرکوب بیان ژن PTX3 پیشنهاد شدند. تیمار 72 ساعته سلول های U-87 با PTX3-siRNA طراحی شده در غلظت 100 نانومولار قادر به کاهش بیان PTX3 به میزان 69 درصد بود. نتایج فلوسایتومتری نیز نشانگر القای آپوپتوز در 65 درصد سلول ها بود. نتیجه گیری: کارآیی siRNA طراحی شده با روش in vitro تایید شد که بر کاهش بیان ژن PTX3 و القای آپوپتوز در سلول های گلیوما U-87 تاثیر قابل ملاحظه ای داشت.

لطفا برای مشاهده چکیده به متن کامل (PDF) مراجعه فرمایید.

سابقه و هدف: سرطان معده اولین عامل مرگ میر ناشی از سرطان در ایران است. مطالعات بسیاری در خصوص یافتن پروتئین های تاثیرگذار به جهت اهمیت بر روی سرطان معده صورت گرفته است. با استفاده از پروتئین های شناسایی شده در خصوص سرطان معده و ابزارهای محاسباتی طراحی شده برای مطالعه شبکه های پیچیده، می توان راهی ارزان و منطقی برای شناسایی کاندیدهای پروتئینی درگیر در این بیماری معرفی نمود. مواد و روش بررسی: در این مطالعه که به روش تحلیلی با نگرش کمی انجام شده است، به منظور بررسی شبکه میانکنشی پروتئین های شناسایی شده درگیر در سرطان معده، ابتدا پروتئین ها از مقالات استخراج شدند سپس با استفاده از نرم افزار Cytoscape و افزونه MiMI در پایگاه داده های میان کنشی پروتئین ها مورد جستجو قرار گرفتند و شبکه میان کنشی رسم شد. با استفاده از افزونه Centiscape شاخص های مرکزی (Degree، Stress، Betweenness، Closeness،) موردبررسی قرار گرفتند و گره های کلیدی تر شناسایی شدند. پس از افزودن داده های بیانی نیز مجدد این محاسبات صورت پذیرفت. یافته ها: از مقالات، فهرستی مشتمل بر 72 پروتئین استخراج شد و به کمک آن ها شبکه ای متشکل از 1673 گره ایجاد گردید. ارتباطات عمل کردی بین گره های موجود در زیر شبکه ها موردبررسی قرار گرفت و مشخص شد که اکثر پروتئین ها در فرایندهای تنظیمی دخیل هستند نتیجه بررسی شاخص های مرکزی در این شبکه نشان داد که HNF4A و TAF1 به دلیل داشتن میان کنش های زیاد و ایجاد ارتباط بین بخش های مختلف شبکه به عنوان گره های کلیدی در شبکه میان کنشی پروتئین های درگیر در بروز سرطان معده هستند. نتیجه گیری: از پروتئین های معرفی شده در این مطالعه می توان به عنوان مارکرهای تشخیصی و اهداف درمانی در سرطان معده استفاده نمود. از طرفی از روند ارائه شده در این مطالعه می توان در شناسایی اهداف کلیدی در سایر بیماری های پیچیده نیز استفاده نمود.

توکوفرول­ها (ویتامین E)، گروهی از ترکیبات آلی هستند که فعالیت های حیاتی را در سلول های گیاهی فراهم می کنند؛ دستگاه فتوسنتزی را از خسارت اکسیداتیو نوری در امان نگه می دارند و باعث حفاظت غشای کلروپلاست از پروکسیداسیون لیپید می شوند؛ همچنین وجود آن ها در تغذیه انسانی ضروری است. در این تحقیق، شش ژن دخیل در بیوسنتز توکوفرول­ها شامل HPPD/PDS1، VTE5، HPT/VTE2، VTE3/APG1/IE35، TC/VTE1، γ-TMT/VTE4 و فراورده های این ژن ها به کمک پایگاه­های اطلاعاتی و نرم افزارهای بیوانفورماتیک، به صورت In SILICO در گیاه عدس شناسایی شدند که می توان پس از شناسایی و جداسازی ژن ها، آن ها را برای اهداف اصلاحی عدس از طریق بهنژادی سنتی یا روش های نوین زیست فناوری به کار برد ترسیم درخت فیلوژنتیکی با برنامه MEGA 7 نشان داد که اکثر این ژن ها در گیاه عدس با گیاهان هم خانواده خود مانند نخود و یونجه هومولوژی بالایی دارند. پیش بینی حضور دمین های حفاظت شده مشخص کرد که پروتئین HPPD دارای دو دمین و یک زیردمین و پروتئین­های γ-TMT و VTE3 هر کدام دارای یک دمین حفاظت شده می باشند. نتایج حاصل از توصیف پروتئین ها با استفاده از ابزار ProtParam تعیین کرد که بالاترین فراوانی از نظر ترکیب اسیدهای آمینه، به لوسین، سرین و گلایسین و کمترین فراوانی، به دو اسیدآمینه سلنوسیستئین و پیرولیزین تعلق داشت. با استفاده از برنامه DeepLoc-1.0 پیش بینی شد که به­غیر از پروتئین HPPD که محلول در سیتوپلاسم است، پنج پروتئین دیگر در فضای بین دو غشا پلاستیدها قرار می گیرند.

زمینه و هدف: پروتیین Fam83h یک پروتیین غیر ترشحی است که از طریق N-ترمینال خود با کازیین کیناز 1 آلفا 1 (CSNK1A1) برهمکنش دارد. مواد و روش ها: در این مطالعه، دومین های C-ترمینال در Fam83hFam83h، در انسان و موش با استفاده از نرم افزار I-TASSER برای پیش بینی ساختار و عملکرد پروتیین مدل سازی شدند. شبیه سازی دینامیک مولکولی توسط نسخه5. 0. 2 نرم افزار گرومکس (GROMACS) برای بررسی رفتارهای پروتیین در طی زمان انجام شد. سپس برای هر مدل پس از انجام شبیه سازی مولکولی، آنالیز FEL صورت گرفت و داکینگ پروتیین-پروتیین برای بررسی برهمکنش C-ترمینال پروتیین Fam83h با کراتین-5 اسکلت سلولی به عنوان مدلی از کراتین سلولی توسط PIPER انجام شد. یافته ها: نتایج نشان داد که پروتیین انسانی پایدارتر و فشرده تر از موش است. علاوه بر این، ارزیابی برهم کنش بین C ترمینال پروتیین های Fam83h و کراتین-5 در موش نشان داد که آمینواسیدهای آرژنین 378، پرولین391، سرین 663، گلوتامات 710 و آرژنین 923 در پروتیین Fam83h موش به ترتیب با لوسین474، آرژنین417، تیروزین453، گلوتامات397، گلوتامین396 و گلوتامات390 در کراتین-5 اسکلت سلولی موش پیوند هیدروژنی ایجاد می کنند. پروتیینFam83h انسان و کراتین-5 انسانی نیز از طریق آمینو اسیدهای تراونین433، هیستیدین447 و آرژنین477 و لوسین473، گلایسین476، گلوتامات420، آرژنین407 پیوندهای هیدروژنی تشکیل می دهند. بحث: طبق مطالعات انجام شده قبلی، پروتیین Fam83h با کراتین اسکلت سلولی برهمکنش داشته و در پیشرفت سرطان نقش دارد. می توان نتیجه گرفت که پروتیین Fam83h می تواند به طور مستقیم با رشته های کراتین از طریق C-ترمینال خود برهمکنش داشته باشد؛ بنابراین، فرضیه ما درIn-SILICO، این است که اختلال در C-ترمینال پروتیین Fam83h ممکن است منجر به اختلال در بسته بندی کراتین اسکلت سلولی به عنوان مکانیسمی در پیشرفت سرطان شود.

1مقدمه: سیستم CRISPR/Cas، سیستم ایمنی اکتسابی باکتری­ها در مقابله با عوامل مهاجم خارجی است. پروتئین Cas9 باکتری استرپتوکوکوس پیوژنز، رایج­ترین پروتئین Cas استفاده شده در ویرایش ژنوم می­باشد؛ اما پروتئین­های Cas9 دارای مشکلاتی مانند وقوع جهش­های نابه جا هستند که مانعی مهم در مسیر به کارگیری آن­ها برای مقاصد درمانی می­باشد. هدف از این مطالعه، طراحی یوانفورماتیکی یک پروتئین Cas9 جهش یافته به منظور افزایش دقت آنزیم در امر ویرایش ژنوم است.   روش: در این مطالعه ابتدا با انتخاب برخی از جهش­ها و اعمال آن در پروتئین، Cas9 جدید به صورت in SILICO طراحی شد. با روش داکینگ مولکولی نحوه اتصال spCas9 جهش یافته و وحشی به DNA مورد بررسی قرار گرفت. در آخر، پایداری دو پروتئین جهش یافته و وحشی با استفاده از دینامیک مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج: نتایج این مطالعه منجر به طراحی یک پروتئین جهش یافته با 5 جهش شد. نتایج داکینگ مولکولی امتیاز 1073/86-را برای پروتئین تیپ وحشی و امتیاز 349/41-را برای پروتئین جهش یافته نشان داد. نتیجه گیری: بررسی داکینگ مولکولی نشان داد که از پیوندهای بین پروتئین و DNA در حالت جهش یافته کاسته شده است. همچنین، نتایج دینامیک مولکولی نشان داد که پایداری دو پروتئین جهش یافته و تیپ وحشی مشابه یکدیگر می باشند.